El método de particionamiento alrededor de k medoides y la dinámica de la remodelación del endometrio durante el ciclo menstrual.

J. Domingo Esteve, O. Kutsyr Kolesnyk, M. T. León Mendoza, R. Raúl Pérez Moraga, G. Ayala Gallego, B. Rosón Burgo

La secuenciación del ARN de célula única (scRNA-seq) es una poderosa herramienta para investigar los cambios en la abundancia celular durante los procesos de regeneración y remodelación de los tejidos. Su fiabilidad depende de la adecuada identificación de las poblaciones de células de los datos que, a su vez, depende del procedimiento de agrupamiento que se utilice. El método de Particionamiento alrededor de Medoides (PAM) es bien conocido y una de sus ventajas es que facilita la interpretación posterior de los grupos identificando individuos reales del conjunto de datos como sus centros (medoides), sin embargo su aplicación a problemas de clasificación de células está limitada por su alto costo computacional y requisitos de memoria. Nuestro estudio explora la idoneidad del PAM para analizar la dinámica de remodelación endometrial a lo largo del ciclo menstrual y proporciona información sobre los cambios en las poblaciones de células endometriales.

Palabras clave: Single Cell RNASeq, Partitioning Around Medoids, Differential Abundance, Human endometrial cell types

GT17.SDDS2 Sesión Invitada
8 de noviembre de 2023  10:10
CC3: Sala 1

M. Baigorri Iguzquiaguirre, Á. Martín del Rey, C. Jean Louis, F. Mallor Giménez

M. Cildoz Esquiroz, F. Mallor Giménez

D. García de Vicuña Bilbao, A. M. Anayas-Arenas, J. Ortmann, Á. Ruiz